Qendra Klinike Universitare e Kosovës ka filluar punën në dhjetor të vitit 1958, fillimisht me emrin Spitali i Prishtinës, deri në vendimin për themelimin e Fakultetit të Mjekësisë së Universitetit të Prishtinës, më 17 qershor 1969, kurse më 7.11.1973, Fakulteti i Mjekësisë, bashkohet me Spitalin e Prishtinës, si Organizatë e Punës së Bashkuar. Prej 29 dhjetorit 1977, deri më 1991, ka vepruar si Organizatë punuese e Fakultetit të Mjekësisë.
Nga muaji Qershor i vitit 1999, merr emrin QKUK. Përveç veprimtarisë shëndetësore, në QKUK, ofrohet edhe veprimtaria arsimore dhe ajo kërkimore- shkencore. QKUK, organizohet në klinika, institute, qendra, shërbime dhe njësi administrative.