Përmes funksionalizimit të Sistemit të Menaxhimit të Stokut Farmaceutik ( SMSF), ShSKUK është duke rritë menaxhimin dhe kontrollin e shpenzueshmërisë së barnave dhe produkteve mjekësore.
SMSF është sistem përmes së cilit Barnatorja Qendrore, Barnatoret e Klinikave dhe Barnatoret e Reparteve regjistrojnë planifikimin e barnave, kërkesat, porositë, stokun, daljet për pacientë si dhe shërbime tjera përfshirë kartelat e ilaqeve, raportet, etj. Pra, ky sistem mundëson që ilaqet të monitorohen në mënyrë elektronike që nga momenti i daljes nga Barnatorja Qendrore e deri tek shfrytëzuesi i fundit - pacienti: thjeshtë ofron informata në kohë reale për secilin ilaq që i është dhënë pacientit, nga kush i është dhënë dhe kohën e dhënjes, duke siguruar në kétë mënyrë informatat e nevojshme për secilin ilaq se ku është shpenzuar. Nga fillimi i aplikimit të këtij sistemi në gjysmën e dytë të vitit të kaluar e deri më tani SHSKUK ka regjistruar mbi 20.000 ilaqe (produkte mjekësore) - dalje të realizuara nga barnatoret e reparteve për pacient. Sistemi i tillë i kontrollit përmes SMSF aktualisht është funksionalizuar në disa klinika të QKUK-së, ndërsa ShSKUK është duke punuar intenzivisht që këtë sistem t’a funksionalizojë dhe aplikojë në të gjitha barnatoret e Klinikave të QKUK-së dhe Spitaleve të Përgjithshme.
